这事儿关键就两点：主观明知和从犯。公安定掩饰隐瞒犯罪所得罪，必须证明你同学知道或应当知道包裹是犯罪所得。老板跑了，口供孤证，但检察院会看客观推定：包裹是不是明显异常、交接是不是偷偷摸摸、报酬是不是高得离谱、有没有分赃、有没有被要求躲监控。如果只是正常打工、按点看店、拿固定工资，那就咬死不明知，争取不起诉。从犯方面，就算认定他知情，也只是辅助保管，作用小、获利少，可争取从犯、初犯、偶犯、缓刑。
审查起诉阶段认罪认罚签不签？别急着签。先去办：让南京刑事辩护律师会见、阅卷，看证据到底硬不硬。证据不足或主观明知打不掉，不签，签了等于认罪，后面很难翻。证据确实充分、检察院给的量刑建议能接受（比如缓刑），再签，还能争取量刑协商。老板跑了对你同学有利有弊，口供别乱改。尽快找南京本地做掩饰隐瞒犯罪所得罪、从犯辩护的律师，争取不起诉或从犯认定。